Quelltextausgabe ohne Kommentare:

config.disablePrefixComment = true

Saubere Header/Überschriften:

lib.stdheader {
    10.1.fontTag = <h1>|</h1>
    10.2.fontTag = <h3>|</h3>
    10.3.fontTag = <h3>|</h3>
    10.4.fontTag = <h4>|</h4>
    10.5.fontTag = <h5>|</h5>
    stdWrap.dataWrap = |
}

Korrekte XHTML-Deklaration:

config.htmlTag_langKey = de
config.xhtml_cleaning = all
config.doctype = xhtml_trans
config.doctypeSwitch = 1

Mit doctypeSwitch erfolgt die Angabe <?xml ... erst nach der DOCTYPE-Dekleration. Dadurch werden mögliche Darstellungsfehler im IE vermieden.

Javascript und CSS auslagern:

config.removeDefaultJS = 1 oder external
config.inlineStyle2TempFile = 1

Mehr zum Thema und zur Header-Konfiguration ist in der Mittwald TypoScript-Referenz unter http://www.typo3.net/tsref/setup/config/ zu finden.